Prostatos vėžys
Urine RNA sequencing to find biomarkers for high-risk prostate cancer prediction
European Urology Open Science 2022;44(Suppl 2):S187
Autoriai: Lopeta M., Paliksa S., Belevicius J., Barisiene M., Bakavicius A., Mickevicius R., Zilys S., Ulys A., Juodele L., Jankevicius F., Jievaltas M., Gagilas J.
Rezultatai: Remiantis Ensembl ir mitranscriptome duomenų bazėmis pacientų šlapimo mėginiuose buvo nustatyta >50000 genų raiška, iš kurių ~17000 koduoja baltymus ir ~36000 yra nkRNR genai. 14 genų pasižymėjo diferencine raiška ir 6 iš jų buvo pašalinti dėl to, kad nebuvo nustatyta praturtinimo surinkus mėginius po prostatos masažo. Į atrinktų diferencine raiška pasižyminčių genų sąrašą pateko gerai žinomi prostatos vėžio biožymenys PCA3 ir ERG, kurie buvo privalomai įtraukti į LASSO modelį prognozuojantį kliniškai reikšmingo vėžio riziką. Biožymenų modelio kryžmiškai validuota AUC buvo 0,76 ir viršijo PSA (0,70). Dėl mažos statistinės galio į galutinį modelį buvo įtrauktas tik vienas papildomas biožymuo. Tai rodo, kad reikia tolimesnių tyrimų siekiant validuoti atrinktus biožymenis kandidatus.
Evaluation of urine biomarkers for high risk prostate cancer diagnostics
European Urology Open Science 2022;40(Suppl 1):S12
Autoriai: Veneviciute S., Lopeta M., Paliksa S., Gagilas J., Barisiene M., Bakavicius A., Mickevicius R., Zilys S., Ulys A., Juodele L., Jankevicius F., Jievaltas M.
Rezultatai: ACPP ir KLK3 genų transkriptai buvo atrinkti kaip geriausiai tinkama kombinacija biožymenų kiekių normalizavimui. Biožymenys, kurių didesni kiekiai nustatyti šlapimo mėginius surinkus po prostatos masažo (p<0,05) buvo toliau analizuoti taikant LASSO metodą. Po šios analizės kliniškai reikšmingo prostatos vėžio (Glisono įvertis ≥7) prognozei atrinkti 6 biožymenys. Nustatyta biožymenų modelio AUC vertė buvo 0,78 (95% PI: 0,68 – 0,88).
Diagnostic performance of PCA3 and TMPRSS2:ERG biomarkers in prostate cancer patients urine collected with and without prostate massage
European Urology Supplements 2019;18(3):e2427
Autoriai: Paliksa S., Gagilas J., Lopeta M., Ukanis M., Kasiliauskiene L., Jurgeleviciute L., Zutautaite I., Barisiene M. , Bakavicius A. ,Mickevicius R. , Zilys S. , Zykus A. , Ulys A. , Juodele L. , Jankevicius F. , Jievaltas M. , Janulaitis A.
Rezultatai: Modelis įtraukiantis PCA3 ir TMPRSS2:ERG biožymenis kartu su PSA tankiu ir pacientų amžiumi parodė aukštą diagnostinį tikslumą (AUC) prognozuojant prostatos vėžį ir kliniškai reikšmingą prostatos vėžį (Glisono įvertis ≥7), kai pacientų šlapimas buvo surinktas be prostatos masažo. Šlapimo mėginius surinkus po prostatos masažo testo diagnostinis tikslumas, specifiškumas ir NPV buvo aukštesni.
Biomedicininis tyrimas: „Prostatos vėžio diagnostika“, protokolo nr. 2015-PVD, leidimo nr. L-15-06/1. Tyrimas vykdytas 2015–2018 m. Tyrimo rezultatai buvo panaudoti sukuriant neinvazinį prostatos vėžio testą.
Kita
SARS-CoV-2 RT-qPCR Ct values in saliva and nasopharyngeal swab samples for disease severity prediction
J Oral Microbiol. 2023; 15(1): 2213106
Autoriai: Snipaitiene K., Zablockiene B., Sabaliauskaite R., Zukauskaite K., Matulyte E., Smalinskaite T., Paulauskas M., Zablockis R., Lopeta M., Gagilas J., Puriene A., Jancoriene L., Jarmalaite S.
Rezultatai: SARS-CoV-2 nustatyta 65% prieš 53% nosiaryklės mėginių bei 49% prieš 48% seilių mėginių surinktų iš Kohortos I (lengva+vidutinė liga, N = 47) lyginant su Kohorta II (sunki liga, N = 53), kas sususmavus atitinkamai sudarė 58% prieš 48% (P = 0.017). Seilių mėginių Ct vertės buvo žemesnės negu nosiaryklės mėginių (vidurkiai Ct = 28.01 prieš 30.07, P = 0.002). Nors pirmųjų surinktų seilių mėginių Ct vertės buvo reikšmingai mažesnės Kohortoje I negu Kohortoje II (P = 0.04), tačiau Kohortos I pacientų mėginiai greičiau tapdavo neigiami (vidurkiai 11.7 prieš 14.8 dienų, P = 0.005). Daugianarė Cox proporcingų rizikų regresijos analizė parodė, kad seilių mėginiuose Ct ≤30 buvo nepriklausomas rodiklis prognozuojant sunkią COVID-19 ligos diagnozę (HR = 10.06, 95% CI: 1.84–55.14, P = 0.008).
Saliva Testing is a Robust Non-Invasive Method for SARS-CoV-2 RNA Detection
Infect Drug Resist. 2021 Jul 27;14:2943-2951.
Autoriai: Paliksa S., Lopeta M., Belevicius J., Kurmauskaite V., Asmenaviciute I., Pereckaite L., Vitkauskiene A., Baliutyte I., Valentaite M., Mickiene A., Gagilas J.
Rezultatai: Buvo nustatytas geras atitikimas tarp SARS-COV-2 RNR nustatymo nosiaryklės ir seilių mėginiuose. Teigiamų mėginių atitikimas buvo 98.28% (PI 90.76-99.96%) ir neigiamų mėginių atitikimas buvo 98.11% (PI 89.93-99.95%). Be to, stebėta statistiškai patikima (p<0.05) ir vidutinio stiprumo (R = 0.53) koreliacija tarp seilių ir nosiaryklės mėginių Ct verčių. Vidinės kontrolės RPP RNR Ct variacija buvo mažesnė seilių mėginiuose ir tai rodo, kad seilių kaip mėginio panaudojimas pasižymi geresniu atsikartojamumu.
Biomedicininis tyrimas: „SARS-CoV-2 viruso nustatymo seilių mėginiuose tyrimas”, protokolo nr. CoV-2020-1, leidimo nr. BE-2-72, tyrimas vykdytas 2020-10 – 2021-03.
Darbo laikas 
